El anime de Blue Archive comienza con la siguiente premisa:
Las academias de la ciudad están divididas en sus propios distritos y se consideran en su mayoría independientes. El Consejo General de Estudiantes actúa como órgano rector para gestionar las academias en su conjunto. Sin embargo, la capacidad del grupo para gobernar se ha visto afectada desde la misteriosa desaparición del Presidente del Consejo General de Estudiantes. Innumerables problemas han comenzado a surgir en todo Kivotos ante la ausencia del liderazgo del presidente.
Para evitar desastres, el Consejo General de Estudiantes solicita asistencia al Club de Investigación Federal, también conocido como Schale. De hecho, Schale es el club más nuevo de la ciudad y el último en ser aprobado antes de la desaparición del presidente. Para llevar a cabo su tarea, Schale confía en la orientación de un Sensei que pueda ayudarles a resolver las incidencias alrededor de Kivotos.
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El célebre videojuego de Nexon ya tiene su propia serie de animación
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