La acción de Soukyuu no Fafner transcurre en un plano temporal futurista, en el año 2144 aproximadamente, donde la Tierra ha sido devastada por unos seres llamados Festum desde el año 2114. Por ciertos eventos causados por estos seres, los japoneses perdieron su fertilidad y fueron prácticamente borrados del mapa.
Los supervivientes se encuentran ahora en una remota isla japonesa llamada Tatsumiya. La gente ha logrado sobrevivir escondiéndose de los Festums usando la más avanzada tecnología, y cuando los descubren, mandan a un joven piloto llamado Kazuki Makabe a enfrentarlos con su mecha Fafner.
Los miembros del reparto original confirman su regreso para este episodio especial
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